对Visual Studio而言，其中一个最大的明显不足之处在于每一个VS版本都要绑定一个特定版本的CLR。比如，使用Visual Studio 2005时，你就不可能创建除了.NET 2.0应用以外的其他应用程序。在Visual Studio 2008里，这一问题会随着一个微软称之为多定向（Multi-targeting）的技术出现而得到部分解决。
从.NET 1.0到3.5，只能有一个版本的CLR可以被装载到一个进程里。因为Visual Studio本身部分上就是用.NET框架构建的，所以它也只能装载自带的CLR版本。这就使得它几乎不可能和基于其他版本的应用一起工作。
Visual Studio 2008其实没有真正地解决这个问题。可以称其为打了一个擦边球，因为.NET 3.0和3.5实际上只是构建于2.0运行时上的类库。Scott Guthrie描述说是通过改变用户接口 实现了这一目的，其方法本质上是使用了一个下拉框，可以从中选择要使用的其他类库。
因为这个问题没有得到彻底的解决，所以如果你要构建.NET 1.0或者.NET 1.1应用，还是需要选择各自的开发工具，VS2002或者VS2003。不过利好的一面是，至少项目文件不会改变，VS 2005的用户也可以和VS 2008的用户协同工作。
